This should be relatively efficient:


<xsl:variable name="unique_hrefs" select="distinct-values(//xref/@href)"/>

 <xsl:template match="p">
    <xsl:element name="{local-name()}"><xsl:apply-templates/></xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="xref">
    <a href="{@href}">
      <sup>
		<xsl:value-of select="index-of($unique_hrefs, @href)"/>
      </sup>
    </a>
  </xsl:template>